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昆明植物研究所為了開展的基因組學(xué)、種質(zhì)資源、新藥創(chuàng)制、 生命條形碼等核心工作，建設(shè)西南戰(zhàn)略生物資源超級(jí)計(jì)算分中心，中心建立10萬億次超級(jí)計(jì)算機(jī)群，打造我國西南地區(qū)生物研究中心。中心以曙光天演EP850-GF2服務(wù)器和曙光CB85-F四路刀片構(gòu)建高性能計(jì)算集群系統(tǒng)，在性能和專業(yè)應(yīng)用上滿足了研究所的需求。下面我們就這一生物研究領(lǐng)域超算應(yīng)用的典型案例作出說明：

首先談?wù)動(dòng)布�方案，昆明植物研究所高性能�?jì)算集群硬件系統(tǒng)包括計(jì)算子系統(tǒng)、存儲(chǔ)子系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)子系統(tǒng)、管理診斷子系統(tǒng)、接入子系統(tǒng)以及基礎(chǔ)架構(gòu)子系統(tǒng)五個(gè)部分，系統(tǒng)整體架構(gòu)如下圖所示：

昆明植物研究所高性能計(jì)算機(jī)群是一個(gè)具有海量存儲(chǔ)能力和超級(jí)計(jì)算能力的高性能計(jì)算環(huán)境，包括登錄結(jié)點(diǎn)池、計(jì)算資源池以及存儲(chǔ)資源池等。

高性能計(jì)算用戶可以利用WEB、應(yīng)用集成GUI以及Scripts三種方式連接到集群登錄結(jié)點(diǎn)提交作業(yè)，并通過全局共享的并行存儲(chǔ)資源池存儲(chǔ)應(yīng)用程序的輸入文件和輸出結(jié)果：

由于生物研究的特殊性，機(jī)群的整體安全性和可管理性非常重要，所以，集群采用的曙光DCSM機(jī)群安全模塊源于智能防火墻技術(shù)，其核心思想是為機(jī)群系統(tǒng)的使用增加一道管理屏障。DCSM專門針對(duì)機(jī)群按進(jìn)行了優(yōu)化，在軟件設(shè)計(jì)上增強(qiáng)了機(jī)群系統(tǒng)的接入控制和安全管理功能，使之與機(jī)群產(chǎn)品有機(jī)結(jié)合，從而更好地發(fā)揮機(jī)群網(wǎng)絡(luò)安全門戶的作用。

訪問控制：非法用戶無法入侵，不批準(zhǔn)連門您都摸不著。

安全隔離：外網(wǎng)病毒、木馬、以及入侵等惡意行為可以安全過濾防護(hù)。

節(jié)點(diǎn)映射：可以在安全的情況下與外界進(jìn)行數(shù)據(jù)交互，如在線下載補(bǔ)丁包，上傳特定數(shù)據(jù)。

遠(yuǎn)程安全接入：可以從遠(yuǎn)程撥號(hào)接入分中心，即使通過互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)也可以安全地訪問和管理機(jī)群。

安全管理：機(jī)群安全模塊為機(jī)群增加了一個(gè)有效的網(wǎng)絡(luò)安全策略管理的平臺(tái)，提高機(jī)群應(yīng)用的安全性。

日志統(tǒng)計(jì)：對(duì)任何進(jìn)入機(jī)群節(jié)點(diǎn)的操作以及DCSM系統(tǒng)相關(guān)配置，都有詳細(xì)的日志統(tǒng)計(jì)、審計(jì)，日志結(jié)果可按照IP、時(shí)間、流量等相關(guān)元素排序、統(tǒng)計(jì)、查詢等操作，也可以報(bào)表、文本等多種格式輸出。

除了安全性能，在散熱設(shè)計(jì)上為了滿足植物研究所超高密的系統(tǒng)散熱要求，服務(wù)器內(nèi)部設(shè)計(jì)了多處專用散熱通道，每個(gè)通道保障不同部件的散熱。通過獨(dú)立散熱通道，對(duì)部分發(fā)熱量的部件形成隔離空間，強(qiáng)制形成前后空氣對(duì)流，避免對(duì)周圍部件的散熱影響。

植物研究所采用的曙光CB85-F服務(wù)器，EP850-GF2服務(wù)器作為計(jì)算結(jié)點(diǎn)，峰值性能為10.3Tflops。

CB85-F是最新研發(fā)的新一代刀片式服務(wù)器產(chǎn)品，并專為HPC進(jìn)行優(yōu)化設(shè)計(jì)，單結(jié)點(diǎn)linpack效率超過85%。四顆處理器通過AMD Hypertransport總線直接實(shí)現(xiàn)互聯(lián)，互聯(lián)帶寬高達(dá)8GB/s。每個(gè)處理器通過集成的內(nèi)存控制器訪問四通道內(nèi)存系統(tǒng)，能夠極大的滿足研究所的運(yùn)算需求。

昆明植物研究所超級(jí)計(jì)算機(jī)群系統(tǒng)具備業(yè)界頂尖的管理、診斷系統(tǒng)設(shè)計(jì)。全新管理平臺(tái)包括內(nèi)嵌于服務(wù)器結(jié)點(diǎn)的高集成度服務(wù)器硬件控制單元、機(jī)柜智能監(jiān)控系統(tǒng)以及功能全面的管理軟件系統(tǒng)Gridview和PowerConf(曙光研發(fā)的服務(wù)器專用管理軟件)，如下圖所示：

曙光Gridview v2.0服務(wù)器綜合管理系統(tǒng)統(tǒng)一告警平臺(tái)系統(tǒng)圖示

昆明植物研究所在應(yīng)用中測(cè)試發(fā)現(xiàn)，使用曙光Powerconf節(jié)能，效率能達(dá)到20%左右：

昆明植物研究所采用的10萬億次高性能計(jì)算集群系統(tǒng)占用5個(gè)機(jī)柜空間，考慮到未來一段時(shí)間的擴(kuò)展需求，曙光還為研究所專門作了機(jī)房設(shè)計(jì)、配置和布局：

昆明植物研究所表示：西南戰(zhàn)略生物資源超級(jí)計(jì)算分中心的建立，對(duì)我國植物及生物研究領(lǐng)域的貢獻(xiàn)不可估量。感謝曙光高性能計(jì)算在生物研究領(lǐng)域多年來積累的豐富經(jīng)驗(yàn)，正是出色的技術(shù)實(shí)力和行業(yè)經(jīng)驗(yàn)的結(jié)合，解決中科院昆明植物研究所的系統(tǒng)需求與實(shí)際應(yīng)用的需求。

關(guān)于曙光：

公司是一家在科技部、信息產(chǎn)業(yè)部、中科院大力推動(dòng)下，以國家"863"計(jì)劃重大科研成果為基礎(chǔ)組建的高新技術(shù)企業(yè)。它以中科院計(jì)算所、國家智能計(jì)算機(jī)研究開發(fā)中心和國家高性能計(jì)算機(jī)工程中心為技術(shù)依托，擁有強(qiáng)大的技術(shù)實(shí)力。曙光系列產(chǎn)品的問世，為推動(dòng)我國高性能計(jì)算機(jī)的發(fā)展做出了不可磨滅的貢獻(xiàn)。2008年6月，每秒運(yùn)算233萬億次的首臺(tái)國產(chǎn)百萬億次超級(jí)計(jì)算機(jī)曙光5000A研制成功，從而使中國成為繼美國之后，第二個(gè)能研制百萬億次高性能計(jì)算機(jī)的國家。

2006年7月，占地面積60余畝的曙光天津產(chǎn)業(yè)基地落成投產(chǎn)，實(shí)現(xiàn)民族高性能計(jì)算機(jī)產(chǎn)業(yè)的歷史跨越。曙光高性能計(jì)算機(jī)連續(xù)14年穩(wěn)居國產(chǎn)高性能計(jì)算機(jī)市場(chǎng)第一，擁有國產(chǎn)高性能70%以上的份額，并在高性能集群領(lǐng)域?qū)崿F(xiàn)了國產(chǎn)機(jī)對(duì)進(jìn)口產(chǎn)品的超越。曙光公司生產(chǎn)的系列服務(wù)器以技術(shù)先進(jìn)、性能卓越、服務(wù)優(yōu)良見長，曾獲"國家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)、二等獎(jiǎng)"、"中科院科技創(chuàng)新特等獎(jiǎng)"、"2001、2003、2004中國十大科技進(jìn)展"等多項(xiàng)國家級(jí)殊榮。

長期以來，曙光始終專注于服務(wù)器領(lǐng)域的研發(fā)、生產(chǎn)與應(yīng)用，依托超級(jí)計(jì)算機(jī)的扎實(shí)功底，立足自主研發(fā)，通過不斷技術(shù)創(chuàng)新，構(gòu)建出擁有完全自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)的全系列精品服務(wù)器，能全面滿足用戶從超級(jí)計(jì)算機(jī)到普通PC服務(wù)器的各項(xiàng)應(yīng)用需求，在互聯(lián)網(wǎng)、金融、電信、生物、氣象、石油、科研、電力等多個(gè)行業(yè)有著大量成功應(yīng)用。